7.迷宫的十字路
《迷宫的十字路》2003年正式上映，讲述樱花漫舞的时节，整个剧场版充溢浓厚的日本传统气味。在历史古都京都延续发作屡次案件，而这些案件少数修建于历史背景之上。隐藏于历史阴影中的谜团和圈套、远远超出想象的事情向柯南战争次袭来!复杂交错的真相与埋在历史中的种种迷题，柯南扑灭真相之光。顺手案件与推理、友谊和爱情……还有柯南的身体终于……?!
8.银翼的魔术师
《银翼的魔术师》于2004年4月上映，故事的次要内容是讲述演员牧树里所拥有的珠宝“命运的宝石”被锁定成为目的!预告函的署名是怪盗基德。但是，预告函为什么是送给工藤新一?基德会再次在柯南面前现身吗?惨剧的真相究竟是什么?26个文字、滑道、怪盗基德，这一次的谜题是什么?关键又会是什么?
9.程度线上的阴谋
第九部剧场版的制造相当出彩，由于故事的场景设定在一艘奢华游轮上，这就为画面的表现提供了很大的发扬空间，制造当前的效果也的确配得上这样的背景，上映前就有宣传拿“泰坦尼克号”来相比了，虽说有些夸张，但未尝不是一个方面。实践比拟柯南历次剧场版当前，可以发现本片理应属于九部剧场版之中的上乘之制造。特别是开头触目惊心的场景设置，声画视听完全是一幅举措片的手法，一切喜欢动画片的观众，似乎都合适看一看这部电影。
10.侦探们的安魂曲
极受好评正在连载中的青山刚昌原作《名侦探柯南》迎来了连载的第12个年头，漫画更是刷新了Sunday漫画系列中最高的1 亿本的超级记载。作为在读卖电视台、日本电视台的动漫系列中热播的动画，系列2006年1月虽迎来了放映10周年岁念，但其行进的步伐并未中止。集大成之作的第10部作品《侦探们的安魂曲》于2006年4月片面地下。
11.绀碧之棺
于2007年正式上映，剧情：在小五郎的率领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享用愉快的假日，湛蓝色的大海和有限的自然风景加上自古以来传播的两个“神海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。但是，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个诱人的小岛上。兰和园子不测的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是由于传说中的宝藏吗?急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一同展开了调查。
12.战栗的乐谱
发生了专杀音乐家的连续杀人事件。被杀的人都出自一位有名的钢琴家领导的音乐学院。柯南一行人受邀参加了由他制作的某音乐厅落成公演。这次公演的亮点就是据说曾被巴赫弹过的管风琴和世界著名的小提琴“斯特拉迪瓦里”的音色。还有据说拥有无与伦比音感的天才歌手的表演。可是，在即将正式公演的时候，开始发生了种种可疑的事件。接着在演出当日，柯南他们到场的音乐会会场突然发生了爆炸。全场顿时被火海包围……
13 漆黑的追踪者
《名侦探柯南漆黑的追迹者》(日语：名探偵コナン漆巫粉E者，英文：Detective Conan: The Raven Chaser)是由山本泰一郎执导的推理悬疑动画，名侦探柯南第13部剧场版，于2009年4月18日在日本上映并获得了35亿日元的票房和297万观众。2009年7月10日在中国台湾地区上映，2010年1月14日在中国大陆首映，是中国大陆地区引进的第一部柯南剧场版作品。该片讲述了柯南遭遇身份暴露的危机、与黑衣组织进行的一次直面对决。
