5世纪梨车毗王朝摩纳提婆统治时期,印度教在尼泊尔得到了发展,摩纳提婆虽然是一个毗湿奴的崇信者,但也尊重佛教,在各地修建了一些佛寺和佛塔。中国高僧法显曾在405年去迎毗罗卫瞻仰佛陀出生地,并将所见记录在《佛国记》中。与法显访尼的同时，尼泊尔的一位出身于佛陀同族的僧人佛陀跋陀罗应中国僧人智严的邀请,大约于东晋义熙二年(406)到达中国长安弘传禅学。他译出《华严经》、《摩诃僧祗律》等15部，l17卷。从佛陀跋陀罗的译经中可证当时大乘佛教根本教理之一的菩萨行在尼泊尔已很流行。
尼泊尔佛教在梨车毗王朝盎输伐摩王的支持下取得了显著进展。兴建的一些巨大的佛教建筑，当时出使尼泊尔的中国使节王玄策曾备加赞赏。盎输伐摩王把他的女儿尺尊公主嫁给吐蕃赞普松赞干布。她赴藏时携去释迦牟尼八岁等身像和其他佛教文物，从此沟通了从印度经加德满都、拉萨到长安的通道。从这个时候起，藏地开始了翻译梵文佛经的工作，参与翻译的有尼泊尔的尸罗曼殊、香达等。唐贞观七年(633)，中国高僧玄奘瞻拜了迦毗罗卫和腊伐尼林。他在《大唐西域记》中写道:“劫比罗伐
窣堵国，周四千余里，空喊十数，荒芜已甚……伽蓝故基,千有余所,而宫城之侧有—伽蓝,僧徒三千余人,习学小乘正量部教。天祠两所，异道杂居”;“尼波罗国,周四千余里,在雪山中......伽蓝天祠，接堵连隅。僧徒二千余人,大小二乘，兼攻综习”。新罗僧人慧超距玄奘访尼90年后也到过迦毗罗卫。据同时代的湿婆提婆二世在725和749年所立的碑铭中记载,湿婆提婆曾兴建以他自己的名字命名的佛寺——湿婆提婆寺,并在寺中创立了雅利安比丘僧伽。碑铭中还提到当时的其他著名寺院如曼纳提婆寺、仰罗啒哩伽寺、阎摩寺等。这些寺院是尼泊尔佛教活动的中心并与中国藏地和其他北传佛教国家有着宗教上的联系。在这个时期,中国僧人玄照、道希、道方、道生、末底僧诃、玄会、悟空,新罗僧人玄太、玄恪等在往返印度时都路经尼泊尔;道生、末底僧诃和玄会死于尼泊尔。在梨车毗几个后王统治时期，佛教与印度数和睦共处，并行不悖。
8世纪末9世纪初，南亚次大陆的印度教经过商羯罗的改革后,出现了复兴运动，这也推动了尼泊尔印度教的发展。据尼泊尔史料记载，商羯罗在晚年曾访问过尼泊尔,他用压迫佛教的手段大力推行印度教。佛教虽然受到沉重的打击,但在尼泊尔谷地和东北山区仍在流传。嗣后几个世纪，由于佛数和印度教的融合，出现了混合的密教或“新佛教”。印度密教中的主要派别——真言乘、金刚乘、易行乘和时轮乘几乎在尼泊尔都得到了广泛的传播。尼泊尔是印度易行乘悉地师(成就师)崇拜流行最早的地区之一,这个派别宣传即身成佛的大乘思想,赞颂《多诃俱舍》在尼泊尔佛教徒中成为日常的行事之一。印度教和佛教密宗的思想和实践相互吸收、相互渗透,它们的界线很难划清;在印度教中神殿中常常可以见到佛教的菩萨、佛像,在佛教的寺庙中也可见到印度教的神祇。两种宗教徒常常崇拜共同的对象,举行共同的祭祀仪式，并有共同的节日。这种混同的形式自中世纪直至现代一直颇为流行。同时,在佛教中也出现了象印度教一样的种姓制度。在佛教的僧伽中分为朱古巴(僧侣)、班达耶(佛教僧侣的后裔)、瓦吉拉恰利。耶(高级僧侣、密教师)和乌陀莎(商人、金银匠、画匠等出身的僧侣)。在一般佛教徒中也分成若干种姓和亚种姓，从事各种不同的职业。
